По функциональному назначению аквариумы делятся на декоративные и специальные.
Специальные аквариумы предназначены для решения конкретных задач: инкубации икры, подращивания молодняка, разведения и лечения рыб, проведения различных опытов и экспериментов. В соответствии со спецификой их делят на:
Нерестовые аквариумы нужны для размножения рыб в неволе. Величина нерестовика, субстрат, состав воды, освещенность и другие условия подбираются индивидуально. Необходимо соблюдать максимальную стерильность. Для удобства нерестовый аквариум должен иметь меньшие размеры, чем основной. Так легче будет находить выметанную икру и удалять погибшие яйца. Для разных видов рыб требуются нерестовые аквариумы с различными пропорциями.
Инкубаторы - вспомогательные емкости, необходимые для жизнеобеспечения развивающейся икры и личинок аквариумных обитателей. Их вместимость колеблется от 0,5 до 25 л. Минимальный объем требуется для икромечущих карпозубых, откладывающих икру в торф; максимальный - для инкубации икры дискусов, оставленной родителями. Главные условия содержания аквариума-инкубатора: чистота, оптимальная температура, гидрохимический состав и кислородный режим.
Карантинно-лечебные аквариумы служат для передержки и адаптации вновь поступающих животных, а также их лечения. Главные условия: простор, гигиеничность, минимум стрессов, постоянный контроль качества воды. Все его параметры (пропорции, оформление и т. д.) зависят в первую очередь от размеров рыб, содержащихся в нем, и продолжительности их пребывания в карантинно-лечебном аквариуме. То же самое можно сказать про селекционные аквариумы.
Выростные аквариумы - корытообразные сосуды, рассчитанные на быстрое подращивание большого количества мальков. Желательный размер - 150x45x60 см. Главные условия содержания рыб: оптимальные условия среды (температура, жесткость, соленость воды и др.), регулярная подмена воды и обильное разнообразное кормление.
Культиваторы обеспечивают массовое воспроизводство кормовых объектов, населяющих воду: инфузорий, водорослей, рачков, коловраток и т. д. Главные условия их выращивания: возможно большая площадь, тщательный подбор среды и питания.
Селекционные - в них содержатся рыбки, необходимые для селекционной работы.
Естественно, в одном аквариуме можно достигать различных целей, например, одновременно содержать, лечить и разводить рыбок.